2台のサーバをApacheの仮想サーバ機能を利用した集約に成功したところまではよかったのですが、いろいろアクセスしてみたらMovable Typeで作ったページのリンクを辿るとエラーが出るということに気が付きました。
よくよく考えてみたら、Movable Typeが利用するDB、つまりMySQLのDB移行をすっかり忘れていて、それがエラーが出る原因でした。トップページなど一部のコンテンツはHTMLとして出力されるのでDBがなくても表示されるのですが、CGIが動いて表示される部分は表示すべき内容が存在しないので当然表示されないということです。
ということで、あわててMovable Typeで利用していたコンテンツの移行を行うことになりました。